Trong phần lớn các hệ thống phân loại, thực vật có hoa được coi là một nhóm cố kết mạch lạc. Tên gọi mang tính miêu tả phổ biến nhất là Angiospermae (Angiospermae), với Anthophyta ("thực vật có hoa") là lựa chọn thứ hai. Các tên gọi này không gắn kết cố định với bất kỳ cấp phân loại nào. Hệ thống Wettstein và hệ thống Engler sử dụng tên gọi Angiospermae với cấp bậc được gán là phân ngành. Hệ thống Reveal coi thực vật có hoa như là phân ngành Magnoliophytina[11][12], nhưng sau đó tách nó ra thành Magnoliopsida, Liliopsida và Rosopsida. Hệ thống Takhtadjan và hệ thống Cronquist coi nhóm này ở cấp ngành, dẫn tới tên gọi Magnoliophyta (từ tên gọi của họ Magnoliaceae). Hệ thống Dahlgren và hệ thống Thorne (1992) coi nhóm này ở cấp độ lớp, dẫn tới tên gọi Magnoliopsida. Tuy nhiên, hệ thống APG năm 1998 và hệ thống APG II năm 2003[13], không coi nó như là một đơn vị phân loại chính thức mà coi nó là một nhánh không có tên gọi thực vật học chính thức và sử dụng tên gọi angiosperms cho nhánh này.

Cho tới nay, thông thường thực vật có hoa vẫn được coi là một ngành. Là một nhóm ở cấp độ trên cấp họ, nên ở đây có sự tự do trong việc chọn tên gọi: Điều 16 của ICBN cho phép hoặc là dùng tên miêu tả hoặc là dùng tên dựa trên tên phát sinh chủng loài. Tên ưa thích theo phạm trù sau là Magnoliophyta (ở cấp độ ngành, dựa trên Magnolia là tên khoa học của chi Mộc lan). Tên miêu tả phổ biến nhất là Angiospermae (Angiosperm), với Anthophyta ("thực vật có hoa") là sự lựa chọn thứ hai.

Phân loại nội bộ của nhóm này đã qua nhiều thay đổi đáng kể cũng giống như sự thay đổi của ý tưởng về các mối quan hệ của chúng. Hệ thống Cronquist, được Arthur Cronquist đề xuất năm 1968 và công bố ở dạng đầy đủ năm 1981, vẫn còn được sử dụng rộng rãi nhưng không còn được coi là phản ánh đúng cơ chế phát sinh loài. Sự nhất trí chung về việc thực vật có hoa cần sắp xếp như thế nào chỉ có thể nổi lên gần đây, thông qua công trình của Angiosperm Phylogeny Group, là tổ chức đã phát hành sự phân loại lại có sức thuyết phục hơn cho thực vật hạt kín vào năm 1998. Sự cập nhật các nghiên cứu gần đây đã được phát hành như là APG II (2003)[13].

Theo truyền thống, thực vật có hoa được chia thành hai nhóm chính, trong hệ thống Cronquist được gọi là Magnoliopsida (ở cấp độ lớp, dựa trên tên gọi Magnolia) và Liliopsida (ở cấp độ lớp, dựa trên tên gọi Lilium). Phổ biến hơn là các tên gọi miêu tả (theo điều 16 của ICBN): Dicotyledones (một số người ưa dùng Dicotyledoneae) và Monocotyledones (một số người ưa dùng Monocotyledoneae), là các tên gọi đã được sử dụng từ rất lâu. Trong tiếng Việt, thành viên nào đó của nhóm bất kỳ nào đều có thể được gọi chung là "thực vật một lá mầm" hay "thực vật hai lá mầm", tùy theo số lượng lá mầm của nó. Các tên gọi này xuất phát từ một thực tế là thực vật hai lá mầm thường (không phải luôn luôn) có hai lá mầm trong mỗi hạt, trong khi thực vật một lá mầm thông thường chỉ có một. Quan điểm về số lượng lá mầm không phải là thuận tiện mà cũng không phải là đặc điểm có độ tin cậy cao.

Các nghiên cứu gần đây chỉ ra rằng thực vật một lá mầm là một nhóm "tốt" (nhóm đơn ngành hay toàn phần), trong khi thực vật hai lá mầm lại không phải như vậy (nhóm đa ngành). Tuy nhiên, trong phạm vi của thực vật hai lá mầm vẫn tồn tại nhóm "tốt", nó bao gồm phần lớn thực vật hai lá mầm. Nhóm mới này về mặt bán chính thức được gọi là "thực vật hai lá mầm thật sự" (eudicots) hay "ba lỗ chân lông" (tricolpate). Tên gọi "tricolpate" có nguồn gốc từ loại hình phấn hoa tìm thấy trong cả nhóm. Tên gọi eudicots được tạo ra bằng cách gắn "dicots" với tiền tố "eu-" (tiếng Hy Lạp 'eu'= "thật sự"), do mọi thực vật hai lá mầm thật sự đều chia sẻ các đặc trưng thông thường được gán cho thực vật hai lá mầm. Tên gọi hình thức cho nhóm này đôi khi được dùng là Rosopsida (ở cấp độ lớp, dựa trên chi Rosa). Tách nhóm này ra khỏi thực vật hai lá mầm (cũ) người ta thu được phần còn lại, nó đôi khi được gọi là "thực vật hai lá mầm cổ" (palaeodicot với tiền tố "palaeo-" trong tiếng Hy Lạp cổ điển có nghĩa là cổ). Do nhóm còn lại này không phải là một nhóm "tốt" nên thuật ngữ này chỉ có mục đích làm thuận lợi trong phân loại mà thôi.